顛末を書いてなかったので。
通信環境さえ復帰すればすぐに復旧すると思われていたこのサイトを襲った HDD トラブルの悲劇、顛末はというとリムーバブルケースとケーブルの接触不良のようでした。
鯖にはフルタワーででかいけどシャドウベイなんて洒落たものは無いに等しいケースを使っているので、スロットインできる EG-RM510AWH を使ってるのですが、どうやらこれとマザーとを繋ぐケーブルの接触か、内部の HDD との接触がよろしく無かったようです。
というのも、1 番目のスロットに入れると問答無用で認識されなくなったりとかの怪しい動作が出たお陰で切り分けできました。
となるともしかするともしかして、元々の HDD も実は壊れていたわけでは無かったんじゃあ……という気がしてきますが今更使うのもちょっと。
最初の内は問題なかったのにだんだん怪しくなっていった、という動作をしたのは事実ですし。
とりあえず今回の教訓として、MySQL の DB ファイルだけは死守するようにちゃんとバックアップ方法を考えないと。手頃なのはやはり SkyDrive とかのオンラインストレージサービスですが、無料だけに微妙な制限があるので一番手間が掛からない方法でやりたいところです。