そろそろ真面目に MySQL 5.6 への移行が上手く行かなかった原因を調べようと変更点のページみたらあっさり答えっぽいのが。

innodb_autoextend_increment のデフォルト値が変更って、何気に物凄い変更というかちゃんと合わせてあげないと InnoDB がエラーで落ちるよね、どう考えても。

innodb_file_per_table もデフォルトで enable なようだし、これはちゃんとバックアップとらないと怖くて上げれない。